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【連載-企業(yè)參考品】乳腺癌的PCR和NGS參考品的選擇

原載自:www.sute009.com[技術(shù)資料頻道]  2020-04-24  瀏覽次數(shù):1993

科佰生物作為一家提供企業(yè)核酸診斷標準品的企業(yè),在該領(lǐng)域已經(jīng)深耕多年,與全國該領(lǐng)域90%的企業(yè)都有過合作,成功支持過很多企業(yè)的試劑盒研發(fā)和獲批,在該領(lǐng)域有豐富的經(jīng)驗。根據(jù)我們對市場的調(diào)研,對客戶需求的理解,我們把我們的產(chǎn)品線劃分為多個模塊,主要為支持PCR的單點mutation、fusion和CNV產(chǎn)品,支持NGS的小panel和大panel(泛腫瘤、包含TMB和MSI)產(chǎn)品,支持IHC和Fish的FFPE block產(chǎn)品,支持標準品定標的dPCR檢測試劑盒產(chǎn)品等。

 

接下來的幾期,我們陸續(xù)會針對不用的腫瘤,遵循NCCN指南的標注,為大家分享我們對企業(yè)參考品選擇的看法。

 

乳腺癌是影響女性健康的主要的惡性腫瘤之一。根據(jù) Globalcan2012數(shù)據(jù),2012年女性乳腺癌新發(fā)病例約167.1萬,標化發(fā)病率為43.1/10萬,位居女性惡性腫瘤發(fā)病*。

 

女性乳腺癌發(fā)病和死亡分別位居我國女性惡性腫瘤發(fā)病和死亡的第1位和第5位,全國2014年女性乳腺新發(fā)病例約27.89萬例,占女性惡性腫瘤發(fā)病的16.51%,全國2014年女性乳腺癌死亡病例約6.60萬例,占女性惡性腫瘤死亡的7.82%。

 

 

 

根據(jù)NCCN指南描述,乳腺癌主要區(qū)分非浸潤性乳腺癌和浸潤性乳腺癌,涉及的分子標記物主要為estrogen receptor (ER),progesterone receptor (PR),Her-2,BRCA1/2,多基因檢測。對應(yīng)的臨床意義和指導(dǎo),請點擊下載NCCN指南。

 

 

如下我們開始對每個分子標志物做一些分析。

 

ER、PR、HER-2分子標記物

 

臨床的診療,一般是先看激素受體的狀態(tài),也就是ER和PR的檢測,再看HER2的檢測,結(jié)合淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移判斷,制訂治療方案。

 

 

ER、PR、HER2的檢測,一般是采用IHC和Fish檢測,其中ER和PR一般定性判斷,選擇IHC,HER的檢測可以定性和定量,具體檢測原則為:

 

 

針對HER2的IHC檢測,臨床檢測有明確的評分標準,科佰生物推出的IHC Reference Standard,主要為陰性對照和陽性對照,用于監(jiān)控IHC整個實驗的過程。

 

 

HER2的Fish檢測也是基于切片,是對細胞中拷貝數(shù)的一個檢測,科佰生物選擇ddPCR的方法,按照NIST的標準,選擇內(nèi)參基因DCK,EIF5B和RPS27A,對不同的標準品,進行定標,對應(yīng)的標準品為:

 

 

 

BRCA1/2相關(guān)的標準品HER-2分子標記物

 

BRCA1/2編碼的BRCA是HR(homologous recombination,HR)途徑的關(guān)鍵蛋白之一,臨床檢測到BRCA1/2的Germline mutation,可以選擇用PARP抑制劑治療,尤其是HER2陰性的患者。BRCA蛋白的功能缺失會導(dǎo)致HR途徑無法正常運行,腫瘤細胞會啟用非同源末端修復(fù)系統(tǒng),導(dǎo)致基因修復(fù)錯誤,不斷積累后導(dǎo)致細胞死亡。

 

 科佰生物推出4款BRCA1/2相關(guān)的標準品:

 

 

以CBP9003為例,對應(yīng)的位點為:

 

  

 

HRR和HRD分子標志物

 

另外近的臨床研究表明,PARP抑制劑同樣也適用另外2類標記物的診斷,一類是HRD的檢測患者,一類是HR通路的其他基因突變,都已經(jīng)在臨床實驗中被使用,相信未來會逐步會寫入NCNN指南。

 

科佰生物也陸續(xù)會上新HR-Related Gene(CBP90021)HRD(CBP90022)類的標準品。

 

多基因檢測

 

后一類是用于考慮向輔助內(nèi)分泌治療中添加輔助全身化療的多基因檢測,通過復(fù)發(fā)風(fēng)險計分,幫助做出治療指證,其中的優(yōu)先級是Oncotype Dx的21基因檢測,國內(nèi)也有很多公司開展了這樣的檢測。

 

 

乳腺癌21基因檢測(Oncotype DX)是采用RT-PCR方法,檢測21個與乳腺癌細胞增殖、侵襲、Her-2、激素等相關(guān)的基因的表達量,通過算法進行復(fù)發(fā)評分(RS),根據(jù)評分值指導(dǎo)ER/PR+、HER2-和淋巴結(jié)陰性早期乳腺癌患者術(shù)后的預(yù)后判斷和治療決策。

 

 對應(yīng)的計算方式為:RS=+ 0.47 x Her-2 Group Score - 0.34 x ER Group Score + 1.04 x Proliferation Group Score + 0.10 x Invasion Group Score + 0.05 x CD68 – 0.08 x GSTM1 -0.07 x BAG1

 

 科佰生物應(yīng)用Oncotype DX的方法,制備出幾個低風(fēng)險(RS<26)、中風(fēng)險(RS26-30)、高風(fēng)險(RS>30)的標準品,即將上線,歡迎大家來詢。

 

 綜上,按照NCCN的指南,按照臨床的藥物,按照伴隨診斷的需求,科佰生物開發(fā)了針對乳腺癌的多種診斷參考品,滿足不同客戶的需求。

 

 標準品選擇好了,接下來就是做性能評價,讓我們先學(xué)習(xí)下指導(dǎo)原則,對于性能評價的規(guī)定。

 

 詳見從《指導(dǎo)原則》中分析參考品盤設(shè)計。

 

 

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